กรดเฮกซาโนอิกถูกใช้ในอุตสาหกรรมหลายประเภท โดยเฉพาะในการผลิตสารปรุงแต่งกลิ่นและรส เนื่องจากมีกลิ่นเฉพาะตัวที่คล้ายเนยหืนหรือชีส มันจึงถูกใช้ในการสร้างกลิ่นเทียมในอาหาร เช่น ขนม ลูกกวาด และผลิตภัณฑ์จากนม นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เอสเทอร์ ซึ่งมีการนำไปใช้ในน้ำหอมและเครื่องสำอาง ในอุตสาหกรรมเคมี กรดเฮกซาโนอิกใช้ในการผลิตพลาสติก สารเคลือบ และตัวทำละลายบางชนิด ยังมีการใช้ในด้านการเกษตรเป็นสารช่วยกระจายหรือเป็นส่วนผสมในสารกำจัดศัตรูพืช รวมถึงใช้ในกระบวนการผลิตอนุพันธ์ของกรดคาร์บอกซิลิกชนิดอื่น ๆ ที่ต้องการสายโซ่กลางขนาดหนึ่ง