ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์ดูแลสุขภาพช่องปาก เช่น น้ำบ้วนปากและเจลสำหรับเหงือกอักเสบ ช่วยลดการสะสมของคราบจุลินทรีย์และป้องกันโรคเหงือกได้อย่างมีประสิทธิภาพ นิยมใช้ในสถานพยาบาลเพื่อฆ่าเชื้อผิวหนังก่อนผ่าตัดหรือก่อนเจาะเข็ม ช่วยลดความเสี่ยงการติดเชื้อในแผล ใช้ในผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดมือและสารละลายล้างแผล เพราะมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียทั้งแบบแกรมบวกและแกรมลบ รวมถึงเชื้อราบางชนิด มีการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตวัสดุทางการแพทย์ เช่น สายสวนที่เคลือบด้วยคลอเฮกซิดีน เพื่อลดการติดเชื้อที่เกี่ยวข้องกับอุปกรณ์