ใช้กรดไตรฟลูออโรแอซีติก (TFA) เป็นตัวทำละลายและตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการถอดกลุ่มป้องกันกรดอะมิโนในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์ มักใช้ในเทคนิคการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) เพื่อตัดพันธะระหว่างเปปไทด์กับเรซินสนับสนุน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารประกอบฟลูออรีนที่มีค่าในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากมีความเป็นกรดสูงและระเหยง่าย ทำให้สามารถกำจัดออกได้สะดวกหลังการใช้งาน TFA ยังใช้เป็นสารเติมแต่งในโครมาโทกราฟีแบบของเหลวประสิทธิภาพสูง (HPLC) เพื่อช่วยในการแยกสารที่มีขั้วต่ำ