แพนครีเอตินถูกใช้อย่างแพร่หลายในสาขาการแพทย์และเภสัชกรรมในฐานะสารช่วยย่อยอาหาร มักถูกสั่งจ่ายให้กับผู้ที่มีภาวะตับอ่อนทำงานผิดปกติ เช่น ผู้ป่วยโรคซีสติกไฟโบรซิส ตับอ่อนอักเสบเรื้อรัง หรือหลังการผ่าตัดตับอ่อน เอนไซม์ในแพนครีเอตินช่วยย่อยไขมัน โปรตีน และคาร์โบไฮเดรต ส่งผลให้การดูดซึมสารอาหารดีขึ้นและบรรเทาอาการเช่น ท้องอืด อาการไม่ย่อย และท้องเสีย

ในอุตสาหกรรมอาหาร แพนครีเอตินถูกใช้เป็นสารช่วยในการแปรรูปเพื่อปรับเปลี่ยนโปรตีน ไขมัน และแป้งในผลิตภัณฑ์ต่างๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตอาหารเสริมที่มุ่งเน้นการเสริมการย่อยอาหาร

นอกจากนี้ แพนครีเอตินยังมีบทบาทในเทคโนโลยีชีวภาพและการวิจัย โดยใช้ในการแยกเซลล์และเตรียมเนื้อเยื่อในการทดลองในห้องปฏิบัติการ คุณสมบัติเอนไซม์ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการวิเคราะห์โปรตีนและกระบวนการชีวเคมีอื่นๆ