ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์ที่มีธาตุฟอสฟอรัสสำหรับการวิจัยทางชีวเคมีและการแพทย์ กลุ่ม difluorophosphonate เลียนแบบเอสเตอร์ฟอสเฟตตามธรรมชาติ ทำให้มีคุณค่ากในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะโปรติเอสและฟอสฟาทาสที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณในเซลล์ ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็งเนื่องจากกลุ่ม Fmoc ซึ่งช่วยให้ถอดการป้องกันได้ภายใต้สภาวะอ่อนโยน มีประโยชน์ในการพัฒนาเปปไทด์ชีวภาพที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมเพิ่มขึ้นและความสามารถในการจับมัดที่สูงขึ้น