ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีอะริจินีนสูง มักนำไปใช้ในการพัฒนายับยั้งโปรติเอส โดยเฉพาะเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการแข็งตัวของเลือดและการสลายฟิบริโนเจน ใช้บ่อยในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับธรมบินและโปรติเอสเซรีนคล้ายไทรพซินเนื่องจากมี affinity การจับตัวที่แรง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในคอนจูเกตเปปไทด์ทะลุเซลล์เพื่อเพิ่มการส่งโมเลกุลชีวภาพเข้าสู่ภายในเซลล์ กลุ่มกัวนิดิเนียมคู่ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาอิเล็กโทรสแตติกที่แรงกับกลุ่มฟอสเฟตบนพื้นผิวเซลล์ ซึ่งช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพการดูดซึม ใช้ในแอสเซย์ที่ต้องการลิแกนด์ที่มี affinity สูงสำหรับการศึกษาการจับกับโปรตีน มีความเสถียรภายใต้สภาวะห้องปฏิบัติการมาตรฐาน ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัวและการคัดกรองแบบไฮธรูพุต