ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยกรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) หมู่ Fmoc ให้การป้องกันชั่วคราวแก่หมู่แอมีน ช่วยให้สามารถเกิดปฏิกิริยาเลือกเฉพาะที่บริเวณกรดคาร์บอกซิลิก โซ่ข้าง tetrahydro-2H-pyran-4-yl มีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับกรดอะมิโนธรรมชาติ ทำให้เหมาะสำหรับการออกแบบเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างหลักที่ปรับเปลี่ยน มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมเปปไทด์ซับซ้อนและ peptidomimetics สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม โดยที่ stereochemistry และความเสถียรของโซ่ข้างมีความสำคัญ ความเข้ากันได้กับสภาวะถอดหมู่ Fmoc ช่วยให้สามารถยืดห่วงโซ่เปปไทด์ได้ทีละขั้นตอนภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยรักษากลุ่มฟังก์ชันที่อ่อนไหวไว้ นอกจากนี้ ยังเหมาะสำหรับระบบสังเคราะห์เปปไทด์อัตโนมัติ เนื่องจากหมู่ Fmoc ถอดออกได้โดยไม่ทำลายพันธะเปปไทด์หรือหมู่ป้องกันอื่นๆ และโซ่ข้างช่วยเพิ่มความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ รวมถึงอาจมีผลต่อการพับตัวของเปปไทด์