ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) บทบาทหลักคือการนำเอาส่วนประกอบกรดอะมิโนที่มีพิเพอริดีนเข้าไปในโซ่เปปไทด์ที่กำลังเติบโตด้วยการควบคุมสเตอรีโอเคมีสูง กลุ่ม Fmoc ช่วยในการป้องกัน alpha-amine ที่ละลายได้ด้วยเบสอ่อน ทำให้สามารถประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอนได้ ในขณะที่เข้ากันได้กับกลุ่มป้องกันข้างโซ่ที่หลากหลาย กลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) บนไนโตรเจนของพิเพอริดีนให้การป้องกันที่ละลายได้ด้วยกรด ซึ่งสามารถถูกกำจัดออกอย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะกรดอ่อนโดยไม่กระทบต่อส่วนประกอบที่อ่อนไหวอื่นๆ กลยุทธ์การป้องกันแบบคู่นี้ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อนและเปปไทโดมิมเมติกส์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับผู้ที่มุ่งเป้าไปที่ตัวรับทางชีวภาพซึ่งการจำกัดคอนฟอร์เมชันมีความสำคัญ นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมผู้สมัครยาและโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรมในการวิจัยเคมียา