ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง สารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้างกรดอะมิโนเอ็น-เมทิลที่ได้รับการป้องกัน ช่วยในการประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนโดยมีสารตกค้างเอ็น-เมทิล กลุ่ม Fmoc ให้การป้องกันชั่วคราวแก่หมู่อะมีนเอ็น-เมทิล อนุญาตให้ถอดการป้องกันแบบเลือกเพศภายใต้สภาวะเบสอ่อนโดยไม่กระทบต่อกลุ่มที่อ่อนไหวอื่นๆ อีเทอร์โอ-เมทิลป้องกันหมู่ไฮดรอกซิลของเซรีน ป้องกันปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ในขั้นตอนการจับคู่ ความเสถียรและความเข้ากันได้กับโปรโตคอลกลยุทธ์ Fmoc ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ปรับปรุง โดยเฉพาะที่ต้องการการปรับแต่งหลังแปลผลที่แม่นยำ การเมทิลเลชันเอ็นเพื่อความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้น หรือโครงสร้างเปปโตไอมิเมติก นิยมใช้ในการผลิตตัวกลางทางเภสัชกรรม เปปไทด์ชีวภาพ และสารประกอบวิจัยในเคมียารักษา