ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (solid-phase peptide synthesis) สารประกอบนี้ช่วยให้สามารถนำกรดอะมิโนที่ตกแต่งด้วยหมู่ฟังก์ชันอัลไคน์เข้าไปในเปปไทด์ได้ หมู่อัลไคน์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบชีวภาพที่ไม่รบกวน (bioorthogonal reactions) เช่น การทำ cycloaddition ระหว่างอะซายด์-อัลไคน์ที่ใช้ตัวเร่งทองแดง (CuAAC) ซึ่งรู้จักกันในชื่อ "click chemistry" โดยทั่วไป นี่เป็นประโยชน์อย่างยิ่งในการติดฉลากเปปไทด์ด้วยแท็กฟลูออเรสเซนต์ ไบโอติน หรือโปรบฟังก์ชันอื่นๆ สำหรับการถ่ายภาพ การตรวจจับ หรือการทดสอบ pull-down กลุ่มป้องกัน Fmoc ช่วยให้เข้ากันได้กับกลยุทธ์ Fmoc-t-Bu มาตรฐาน ซึ่งอนุญาตให้ประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนทีละขั้นตอนบนเรซิน การประยุกต์ใช้หลักอยู่ที่การพัฒนาโปรบที่ใช้ฐานเปปไทด์ กลยุทธ์การเชื่อมต่อ และการวิจัยชีววิทยาเคมีที่ต้องการการปรับเปลี่ยนแบบเฉพาะที่