ใช้เป็นสาร derivatizing แบบ chiral ในการวิเคราะห์กรดอะมิโนและเปปไทด์ โดยเฉพาะใน NMR spectroscopy และ mass spectrometry กลุ่ม trifluoroacetyl ช่วยเพิ่มความไวในการตรวจจับเนื่องจากมีอะตอมฟลูออรีน ทำให้ได้สัญญาณที่ชัดเจนและแยกแยะได้ดี ใช้บ่อยในงานศึกษาสเตอริโอเคมีและการประเมินความบริสุทธิ์ของเอนานติโอเมอร์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นตัวประกอบที่ป้องกันในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยกลุ่ม trifluoroacetyl ทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโนของ L-tryptophan ป้องกันปฏิกิริยาข้างเคียงระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ โดยเฉพาะในสภาวะกรดหรือเบส ทำให้เพิ่มประสิทธิภาพในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะและลดผลิตภัณฑ์ข้างเคียง ใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเพื่อปรับปรุงเปปไทด์ให้มีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ดีขึ้น และในงานวิจัยชีวเคมีเพื่อศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนที่มีทริปโตเฟน