Di-tert-butyl iminodicarboxylate ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารป้องกันสำหรับอะมีน ช่วยในการปกปิดหน้าที่ของอะมีนชั่วคราวระหว่างปฏิกิริยาหลายขั้นตอน ป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งการป้องกันอะมีนแบบเลือกสรรเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร ช่วยให้สามารถนำเข้าหน้าที่ที่มีไนโตรเจนแบบควบคุมได้ ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดภายใต้สภาวะอ่อนโยนทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในเส้นทางสังเคราะห์ที่ซับซ้อน