ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยเฉพาะในการติดฉลากหรือจับโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีนหรือเปปไทด์ เนื่องจากหมู่ไอโซธิโอไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างสารติดตามหรือสารเรืองแสงในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มีโครงสร้างฟีนิลที่มีหมู่เมท็อกซีและไนโตรในงานพัฒนายาหรือสารต้านจุลชีพ