เอทิล ไทโอออกซาเมตถูกใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสารกลางที่หลากหลายสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไทอะซอล ซึ่งเป็นที่รู้จักจากกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีทางการเกษตร เช่น ยากำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากความสามารถในการทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับส่วนผสมที่ออกฤทธิ์ การตอบสนองของมันกับเอมีนและนิวคลิโอไฟล์อื่นๆ ทำให้มีคุณค่ากในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม