5-Methyl-1-hexyn-3-ol เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มันทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตยาเคมีเกษตร และสารเคมีเฉพาะทาง โครงสร้างของมันที่มีทั้งอัลไคน์และกลุ่มไฮดรอกซิล ทำให้มีความยืดหยุ่นสำหรับปฏิกิริยาเคมีต่างๆ รวมถึงกระบวนการจับคู่และพอลิเมอไรเซชัน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนากลิ่นหอมและรสชาติ เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งสามารถมีส่วนช่วยในการสร้างสารประกอบหอมที่พึงประสงค์ ในงานวิจัย มันถูกใช้ในการศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่