5-Heptyn-3-ol เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น สารประกอบที่ใช้ในอุตสาหกรรมยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากมีกลุ่มแอลกอฮอล์และพันธะสามซึ่งสามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย จึงถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการเกิดปฏิกิริยาต่างๆ อีกด้วย