Propargyl-PEG5-OH ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการไบโอคอนจูเกชันและการสังเคราะห์ทางเคมีเนื่องจากคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ของมัน มันทำหน้าที่เป็นโมเลกุลลิงก์ในการพัฒนาระบบส่งยา ซึ่งช่วยให้สามารถติดยึดตัวยารักษา (therapeutic agents) กับโมเลกุลที่กำหนดเป้าหมาย (targeting molecules) หรืออนุภาคนาโน (nanoparticles) สิ่งนี้ช่วยเพิ่มความจำเพาะเจาะจงและประสิทธิภาพในการส่งยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์พอลิเมอร์และไฮโดรเจล โดยกลุ่มไฮดรอกซิลปลายทาง (terminal hydroxyl group) ช่วยให้สามารถฟังก์ชันนาไลซ์เพิ่มเติมได้ ในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ มันถูกใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวหรือสร้างวัสดุที่ฟังก์ชันนาไลซ์สำหรับการประยุกต์ใช้ เช่น เซ็นเซอร์ชีวภาพ (biosensors) และสารเคลือบ (coatings) กลุ่มโพรพาร์ไจล์ (propargyl group) ยังมีคุณค่ามากในการทำปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry reactions) ซึ่งช่วยในการประกอบโมเลกุลซับซ้อนอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ