ใช้หลักๆ เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีละเอียด โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกได้ในปฏิกิริยาออร์แกนิกหลายขั้นตอน โดยเฉพาะในการพัฒนายากลุ่มระบบประสาทส่วนกลางและอนุพันธ์ของสาร psychoactive ใช้บ่อยในการเตรียมอนุพันธ์ของแอมเฟตามีนและแคทิโนนสำหรับวัตถุประสงค์การวิจัย โดยเฉพาะในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ยังใช้ในการก่อตัวของอนุพันธ์อะมีนที่ได้รับการป้องกัน เนื่องจากความเสถียรของแกนเบนซิลามีน ซึ่งช่วยอำนวยในการจับคู่เปปไทด์และการสร้างเฮเทอโรไซเคิล รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์เพิ่มความสามารถในการละลายและการจัดการในตัวทำละลายน้ำและออร์แกนิกขั้ว поляร ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์และการทำให้บริสุทธิ์ในระดับห้องปฏิบัติการ นอกจากนี้ หมู่อะมิโนและหมู่เมธอกซีช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาต่อเนื่องได้หลายแบบ เช่น การสร้างพันธะคาร์บอกซิลามีน หรือการใช้เป็นตัวเชื่อม (linker) ในระบบสังเคราะห์แบบแข็ง (solid-phase synthesis)