ใช้เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาต้านมาลาเรียและยาต้านการอักเสบ หมู่ไตรฟลูออร์เมทิลที่มีคุณสมบัติดูดอิเล็กตรอนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในยาตัวสมัคร นิยมใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ชาลโคนและสารประกอบอินทรีย์ฟลูออรีนอื่นๆ ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมสารเคมีเกษตรในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง เนื่องจากหมู่ CF3 ช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในไขมันและความต้านทานต่อการย่อยสลาย มักนำไปใช้ในงานวิจัยเป็นบล็อกสร้างในเคมียาและการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ (SAR)