ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่ดีขึ้น หมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มลิโพฟิลิกและคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอน ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบสารออกฤทธิ์ในยาและสารป้องกันพืช นิยมใช้ในการเตรียมยาควบคุมการดูดซึมเซโรโทนินแบบเลือกเพศ (SSRIs) และยาอื่นๆ ที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตผลึกเหลวและวัสดุฟังก์ชันนัลที่ต้องการบล็อกสร้างฟลูออรีนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ