3-Methoxy-9H-xanthen-9-one ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสีย้อม เม็ดสี และวัสดุเรืองแสงต่างๆ โดยเฉพาะในการสร้างตัวบ่งชี้สำหรับการถ่ายภาพทางชีวภาพ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เหมาะสำหรับการศึกษาคุณสมบัติทางโฟโตฟิสิกส์และสารที่ไวต่อแสง ในงานวิจัยเภสัชวิทยา มีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ซับซ้อนเพื่อพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ ยังมีคุณสมบัติทางชีวภาพที่น่าสนใจ เช่น การต้านอนุมูลอิสระและการต้านการอักเสบ ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีศักยภาพสำหรับการสังเคราะห์ยา โดยปรับโครงสร้างทางเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพทางชีวภาพหรือลดผลข้างเคียง และมีการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมเครื่องสำอางเพื่อปกป้องผิวจากรังสียูวีและช่วยลดริ้วรอยก่อนวัย