5,6-trans-Vitamin D3 มีบทบาทสำคัญในการศึกษาทางวิทยาศาสตร์และทางการแพทย์ โดยเฉพาะในด้านการวิจัยเกี่ยวกับวิตามินดีและกระบวนการเมแทบอลิซึมของร่างกาย มักถูกนำมาใช้เป็นสารอ้างอิงหรือสารมาตรฐานในการวิเคราะห์ทางห้องปฏิบัติการ เพื่อศึกษาคุณสมบัติและกลไกการทำงานของวิตามินดีในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาหรือผลิตภัณฑ์เสริมอาหารที่เกี่ยวข้องกับวิตามินดี เพื่อช่วยในการรักษาหรือป้องกันภาวะขาดวิตามินดี ซึ่งอาจส่งผลต่อสุขภาพกระดูกและระบบภูมิคุ้มกัน