รูนานินถูกใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัส โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังไวรัส RNA มันทำหน้าที่เป็นอนุภาคนิวคลีโอไซด์อนุโลม์ ซึ่งรบกวนการจำลองแบบของไวรัสโดยการยับยั้งเอนไซม์สำคัญ เช่น RNA โพลิเมอเรส สารประกอบนี้แสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้ในงานวิจัยก่อนคลินิกสำหรับการรักษาการติดเชื้อทางเดินหายใจ เนื่องจากสามารถลดปริมาณไวรัสโดยมีพิษต่อเซลล์น้อย นอกจากนี้ รูนานินยังถูกสำรวจสำหรับศักยภาพในการบำบัดแบบผสมเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพต้านไวรัสและลดความเสี่ยงของการดื้อยา ความยืดหยุ่นของโครงสร้างช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพื่อปรับปรุงการดูดซึมและความจำเพาะเจาะจงต่อเป้าหมาย