ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับอะมีนหรือแอลกอฮอล์ เพื่อสร้างซัลโฟนาไมด์หรือเอสเทอร์ซัลโฟเนต ทำให้มีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์เบสซัลโฟน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการค้นพบยาสำหรับพัฒนายับยั้งไคเนสและตัวแทนบำบัดอื่นๆ โดยที่ส่วนไตรฟลูออร์เมทิลไอโซซาโซลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับ ไม่เพียงเท่านั้น ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ไทโอฟีนที่ถูกฟังก์ชันนัไลซ์สำหรับใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ รวมถึงเซมิคอนดักเตอร์ออร์แกนิกและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์