ใช้เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนที่มีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมเพิ่มขึ้นและการดูดซึมทางชีวภาพที่ดีขึ้น กลุ่ม trifluoroethoxy ของมันช่วยเพิ่ม lipophilicity และความต้านทานต่อการย่อยสลายแบบออกซิเดชัน ทำให้มีคุณค่าต่อเคมีทางการแพทย์ ใช้บ่อยในการเตรียมโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงตัวยับยั้ง kinase และยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชยาใหม่ๆ โดยการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มกิจกรรมและความคงตัวในสิ่งแวดล้อม เหมาะสำหรับปฏิกิริยาการจับคู่ในการสังเคราะห์ฮีเทอโรไซคลิกเนื่องจากมีหน้าที่อะโรมาติกเอมีน