ใช้เป็นสารระหว่างกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าสูงในเคมียาสำหรับการสร้างระบบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง (solid-phase) และเฟสของเหลว (solution-phase) ที่คล้ายกับการสังเคราะห์เพปไทด์ เนื่องจากมีทั้งหมู่กรดคาร์บอกซิลิกและฟังก์ชันไนโตรเจนที่ได้รับการป้องกัน แกน isoindoline ที่ป้องกันด้วย Boc ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียม proteolysis targeting chimeras (PROTACs) และตัวแทนการย่อยสลายแบบกำหนดเป้าหมายอื่นๆ