ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างเปปไทด์หรือเพปไทด์ไม่เหมือนธรรมชาติ โดยทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ซึ่งช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งในขั้นตอนการสร้างพันธะเปปไทด์ โครงสร้างที่มีหมู่ tert-butyl carbamate (Boc) ทำให้เสถียรต่อสภาวะปฏิกิริยาหลายชนิด และสามารถกำจัดหมู่ป้องกันนี้ออกได้ภายหลังด้วยกรด เช่น TFA โดยไม่ทำลายโครงสร้างหลักของโมเลกุล เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis) หรือในระบบสังเคราะห์อัตโนมัติ นิยมใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมและชีววิทยาโมเลกุลที่ต้องการความบริสุทธิ์และจำเพาะสูง