ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นหรือสารตัวกลางในการสร้างสารที่มีโครงสร้างเบนโซไทอะโซล ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในยาหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ในการสังเคราะห์เปปไทด์หรือสารประกอบที่มีหมู่ -NH2 อ่อนไหวต่อปฏิกิริยา เนื่องจากหมู่ tert-butyloxycarbonyl (Boc) สามารถป้องกันหมู่อะมิโนได้อย่างมีประสิทธิภาพและถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ๆ ทำให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้ดีในขั้นตอนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน