ใช้ในสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างนิวคลีโอไซด์และสารอนุพันธ์ของนิวคลีโอไทด์ เนื่องจากหมู่เบนซิลทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) ที่ช่วยป้องกันหมู่ไฮดรอกซิลไม่ให้ทำปฏิกิริยาในขั้นตอนที่ไม่ต้องการ ทำให้สามารถควบคุมตำแหน่งของปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างพันธะไกลโคซิดิกในน้ำตาลฟูแรนอส ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนายาต้านไวรัสและยามุ่งเป้าหมายทางชีวภาพ