ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างพิริมิดีน ซึ่งมักพบในสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาเพื่อพัฒนายาต้านไวรัส ยาต้านจุลชีพ และยาในกลุ่มสารยับยั้งเอนไซม์ ด้วยคุณสมบัติของหมู่คลอไรด์ที่ตำแหน่ง 2 ทำให้สามารถทำปฏิกิริยาแทนที่นิวคลีโอไฟล์ได้ง่าย จึงเหมาะสำหรับการสร้างพันธะกับสารประกอบอื่นๆ เพื่อปรับเปลี่ยนโครงสร้างและเพิ่มประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ใหม่สำหรับทดสอบกิจกรรมทางชีวภาพ