ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายับยั้งคินาสและยารักษาอื่นๆ ที่มุ่งเป้าไปที่มะเร็งและโรคอักเสบ หมู่บรอมมีนและเอสเตอร์ช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติมได้ ส่งผลให้สามารถนำเข้าหมู่ย่อยต่างๆ ผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิงหรือการไฮโดรไลซิส นิยมใช้ในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากแกนอินดาโซลมีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและคล้ายกับเบสเพียวรีน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาลิกานด์เลือกสรรสำหรับตัวรับแคนนาบินอยด์ในงานวิจัยประสาทวิทยาศาสตร์