ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารกำจัดศัตรูพืชและสีย้อมเนื่องจากมีกลุ่มอะมิโนและเอสเตอร์ที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการสร้างโครงสร้าง thienopyridine และ thienopyrimidine ซึ่งแสดงกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย รวมถึงฤทธิ์ต้านจุลชีพและต้านมะเร็ง