ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานที่หลากหลายในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร หมู่ไอโซทิโอไซยาเนตทำปฏิกิริยากับนิวคลีโอไฟล์ เช่น อะมีนและไทออล ได้อย่างง่ายดาย ทำให้เกิดอนุพันธ์ไทโอยูเรียและไทยูแรม ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ การมีอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเลือกในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในยาที่เป็นผู้สมัคร ทำให้ตัวทำความสะอาดนี้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาโรค ยังใช้ในการเตรียมโพรบเรืองแสงและตัวแทนสำหรับติดฉลากชีวโมเลกุล เนื่องจากความตอบสนองและการตรวจจับของหน้าที่ไอโซทิโอไซยาเนต การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวเชื่อมหรือตัวปรับแต่งพื้นผิวในโพลิเมอร์ฟังก์ชันและเซ็นเซอร์