ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านเชื้อรา โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการชีวเภสัชจลนศาสตร์ในยาตัวสมัครรับเลือก ใช้กันทั่วไปในเคมีทางการแพทย์เพื่อสร้างระบบเฮเทโรไซคลิกที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อสำรวจสารประกอบที่มีลิเธียมใหม่ซึ่งมีศักยภาพทางรักษา