ใช้หลัก ๆ ในงานสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นรีเอเจนต์หลักในการนำกลุ่มฟังก์ชันไอโซไทโอไซยาเนตเข้าสู่โมเลกุลที่ซับซ้อน มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งเป็นสารตั้งต้นสำคัญในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โครงสร้างอะโรมาติกพร้อมหมู่เมทิลช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกสรรในปฏิกิริยาคัปปลิง ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาสารชีวกิจ เช่น ตัวยับยั้งคินาสและตัวแอนตากอนิสต์รีเซปเตอร์ นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีชีววิทยาสำหรับการติดฉลากและดัดแปลงไบโอโมเลกุล เนื่องจากความเลือกสรรของกลุ่มไอโซไทโอไซยาเนตกับหมู่อะมีน ความเสถียรและความง่ายในการจัดการทำให้เหมาะสำหรับใช้ทั้งในระดับห้องปฏิบัติการและกระบวนการอุตสาหกรรม นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อติดฉลากสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีนหรือเพปไทด์ และเป็นรีเอเจนต์ในการวิเคราะห์สารในงานเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในการตรวจหาและแยกสารที่มีหมู่ฟังก์ชันเฉพาะ