ใช้ในงานสังเคราะห์สารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารชีวภาพ เนื่องจากหมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์มีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนหรือหมู่ไฮดรอกซิลในโมเลกุลชีวภาพ ทำให้สามารถใช้ติดฉลากหรือจับกับโปรตีนเปปไทด์ หรือเอนไซม์ได้ นิยมใช้ในงานวิจัยด้านโปรติโอมิกส์และค้นหาเป้าหมายของยา รวมถึงพัฒนาสารยับยั้งเอนไซม์แบบไม่ย้อนกลับ นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการสร้างซัลโฟนาไมด์ ซึ่งมีโครงสร้างสำคัญในสารต้านจุลชีพบางชนิด