ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา โครงสร้างอะโรมาติกที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมในสารออกฤทธิ์ นิยมใช้ในการผลิตสารป้องกันพืชเนื่องจากความตอบสนองทางเคมีและความสามารถในการรวมตัวเข้ากับโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อออกแบบอนุพันธ์ฟลูออรีนในเคมียารักษาโรค เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา