6-Deoxypenciclovir เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์ยาต้านไวรัส โดยเฉพาะในกลุ่มที่ใช้รักษาการติดเชื้อไวรัสเฮอร์เพส (Herpesviruses) เช่น ไวรัสเริม (HSV-1 และ HSV-2) และไวรัสวาริเซลลา-ซอสเตอร์ (VZV) สารนี้มีบทบาทเป็น intermediate ในการผลิต penciclovir และ prodrugs เช่น famciclovir ซึ่งเป็นยาที่ออกฤทธิ์ยับยั้งการจำลองตัวของดีเอ็นเอไวรัส ทำให้ลดการแพร่กระจายของไวรัสในร่างกาย

เนื่องจากโครงสร้างที่ใกล้เคียงกับนิวคลีโอไทด์ตามธรรมชาติ 6-Deoxypenciclovir ถูกเปลี่ยนเป็นรูปแบบที่ออกฤทธิ์โดยเอนไซม์ของเซลล์ที่ติดเชื้อ ซึ่งช่วยเพิ่มความจำเพาะต่อเซลล์ที่ติดเชื้อและลดผลข้างเคียงต่อเซลล์ปกติ จึงเหมาะสำหรับการพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัยสูง

ในอุตสาหกรรมยา สารนี้ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์แบบหลายขั้นตอน โดยต้องผ่านการเติมหมู่ไฮดรอกซีหรือการดัดแปลงอื่น ๆ เพื่อให้ได้ผลิตภัณฑ์สุดท้ายที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพสูง ทำให้มีความสำคัญในสายการผลิตยาต้านไวรัสระดับอุตสาหกรรม