ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตร กลุ่มซัลโฟนิลคลอไรด์ช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับอะมีนหรือแอลกอฮอล์ได้ง่าย สร้างซัลโฟนาไมด์หรือเอสเทอร์ซัลโฟเนต ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบบ่อยในการออกแบบยา นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารยับยั้งคินาสและตัวปรับเอ็นไซม์อื่นๆ เนื่องจากแกนควิโนซาลีนมีความสัมพันธ์ในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนั้นยังเป็นวัตถุดิบในการเตรียมสีย้อมเรืองแสงและเซ็นเซอร์ โดยโครงสร้างแบบคอนจูเกตช่วยในการดูดซับและการปล่อยแสง