ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีน ซึ่งต้องการความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้นและการดูดซึมทางชีวภาพ (bioavailability) ที่ดีขึ้น หน้าที่ของกรดบอโรนิกช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาครอสคัปพลิงซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ทำให้มีคุณค่ากในการสร้างโครงสร้างไบอาริล (biaryl frameworks) ที่พบในส่วนประกอบเภสัชกรรมที่ออกฤทธิ์ (active pharmaceutical ingredients) การมีอะตอมฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความเลือกในการจับ (binding selectivity) และการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ (membrane permeability) ในโมเลกุลเป้าหมาย ใช้กันทั่วไปในการวิจัยและพัฒนาสำหรับยารักษาโรคมะเร็ง (oncology) ยากันไวรัส (antiviral) และยาเกี่ยวกับระบบประสาทส่วนกลาง (central nervous system agents) นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ที่ติดฉลากรังสี (radiolabeled derivatives) สำหรับการศึกษา imaging ควรควบคุมความชื้นในการใช้งาน เนื่องจากอาจมีการปนเปื้อนของแอนไฮไดรด์ที่เกิดจากความชื้น