ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความสามารถในการจับเฉพาะและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในยาตัวสมุคร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาท เนื่องจากมีความสามารถในการผ่านกำแพงเลือด-สมอง ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาเพื่อการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) ที่เกี่ยวข้องกับฮีเทอโรไซเคิลที่มีไนโตรเจน