ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนและสารประกอบเฮเทโรไซคลิก หมู่ฟังก์ชันของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงเลือกเฉพาะสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้บ่อยในเคมียารักษาเพื่อสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากมีโบรมีน ฟลูออรีน และหมู่กรดคาร์บอกซิลิกบนวงแหวนไธโอฟีนร่วมกัน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารกึ่งตัวนำอินทรีย์และวัสดุพิเศษที่ไธโอฟีนที่มีฮาโลเจนช่วยเสริมคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์ ความเป็นกรดและหมู่ฟังก์ชันที่หลากหลายในโมเลกุลช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาต่อเนื่องได้ง่าย เช่น การสร้างเอสเทอร์หรือแอมไลด์ ซึ่งช่วยขยายความหลากหลายของสารอนุพันธ์