ใช้ DBCO-trifluoroacetyl-amine ในการทำปฏิกิริยาคลิกเคมี (click chemistry) โดยเฉพาะปฏิกิริยากับสารที่มีหมู่อาไซด์ (azide) ผ่านกลไกที่ไม่ต้องใช้ทองแดงเป็นตัวเร่ง (copper-free click reaction) ซึ่งเหมาะสำหรับการติดป้ายหรือต่อเชื่อมโมเลกุลในระบบชีวภาพ เช่น การติดตามโปรตีน เซลล์ หรือดีเอ็นเอในสิ่งมีชีวิตโดยไม่ทำให้เกิดพิษหรือรบกวนกระบวนการทางชีวภาพ

หมู่ trifluoroacetyl ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) ที่สามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเฉพาะ เช่น ในสภาวะเบสอ่อน ทำให้สามารถควบคุมจังหวะการเปิดใช้งานของสารตั้งต้นได้ จึงนิยมใช้ในงานพัฒนายาแบบมีเป้าหมาย (targeted drug delivery) หรือระบบปล่อยยาแบบควบคุม

นอกจากนี้ ยังนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างโครงสร้างโมเลกุลเชิงซ้อน เช่น แอนติบอดี-ยารวม (antibody-drug conjugates) หรือวัสดุนาโนที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงสูง