ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการปรับปรุงยาที่มีศักยภาพ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมตัวยับยั้งคินาสและตัวปรับตัวรับ เนื่องจากความสามารถในการปรับอิทธิพลต่อความสัมพันธ์การจับและความจำเพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นและโปรไฟล์ด้านสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น