เบนซิลไตรเมทิลซิลาน์ใช้หลักเป็นสารป้องกัน (protecting group) ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับแอลกอฮอล์ โดยถูกนำมาใช้เพื่อปกป้องกลุ่มไฮดรอกซิลชั่วคราวระหว่างปฏิกิริยาที่ซับซ้อน เพื่อให้แน่ใจว่ากลุ่มเหล่านี้ไม่ได้รับผลกระทบ ในขณะที่กลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ เกิดการเปลี่ยนแปลง สารเคมีนี้ยังถูกใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์ที่มีส่วนประกอบของซิลิกอน โดยทำหน้าที่เป็นโมโนเมอร์หรือสารกลาง ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรทางความร้อนและความยืดหยุ่นของวัสดุ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบออร์กาโนซิลิกอน ซึ่งมีคุณค่าต่อการผลิตสารเคลือบกาวติดและยาแนว เนื่องจากคุณสมบัติกันน้ำและความทนทาน ในบางกรณี ยังถูกใช้เป็นรีเอเจนต์ในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เพื่อช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร