สาร S-Benzylisothiourea hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการเตรียม thiol และ sulfide โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์หลากหลายชนิด โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านจุลชีพและต้านไวรัส สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเปปไทด์มิมิติกส์และตัวยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งส่วนของไทโอยูเรียมีบทบาทสำคัญในการโต้ตอบการจับคู่ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการปรับเปลี่ยนชีวโมเลกุลและพอลิเมอร์ เพื่อเสริมสร้างคุณสมบัติการทำงานสำหรับใช้ในระบบการส่งยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับ thiol ยังช่วยขยายประโยชน์ของมันในเส้นทางการสังเคราะห์ที่ซับซ้อน