สาร Methyl 5-cyanothiophene-2-carboxylate มีการใช้งานหลักในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งหมู่ไซยาโนและเอสเทอร์ ซึ่งสามารถนำไปใช้ในปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ ได้อย่างหลากหลาย นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ ๆ เช่น โพลีเมอร์และสารกึ่งตัวนำ เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพทางอิเล็กทรอนิกส์และคุณสมบัติทางกายภาพของวัสดุเหล่านั้น