ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอื่น ๆ โดยเฉพาะในงานผลิตยาและสารชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีวงแหวนไทโอฟีนทำให้มีความเสถียรและสามารถทำปฏิกิริยาต่อไปได้หลากหลาย เช่น การแทนที่ของนิวคลีโอไฟล์หรือการเติมของอิเล็กโทรไฟล์ นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างอนุพันธ์ของไทโอฟีนที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านจุลชีพ หรือสารต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในงานวิจัยด้านวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากคุณสมบัติในการนำไฟฟ้าของอนุพันธ์ที่ได้