ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายารักษาโรคเบาหวานและยาลดความดันโลหิต ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากมีหมู่ไซยาโนและฮาโลเจนที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย ยังใช้ในการผลิตเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ โดยแกนไทโอฟีนช่วยในการขนส่งประจุไฟฟ้า ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาครอสคัปพลิงทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับสร้างระบบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน