ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตยาลดความดันโลหิตและยารักษาโรคหัวใจและหลอดเลือดอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร รวมถึงสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดแมลง เนื่องจากมีปฏิกิริยาสูงและสามารถสร้างโครงสร้างเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน โครงสร้างหลักเมทิลไทโอฟีนทำให้มีคุณค่าในอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการออกแบบโพลิเมอร์นำไฟฟ้าและเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในการเตรียมสีย้อมและอนุพันธ์ไทโอฟีนที่ถูกฟังก์ชันไนซ์ ซึ่งใช้ในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม